株式を売却したことによる利益と損失は、上場株式等、一般株式等の区分ごとに、株式の譲渡損益の中で相殺することができます。 また、給与所得や不動産所得などの他の所得とは相殺することができません。

上場株式等の譲渡損が生じた場合には、その譲渡損の金額を申告分離課税を選択した上場株式等の配当所得等の金額と損益通算をすることができます。（ポイント９参照）

上場株式等の譲渡により生じた損失でその年の他の株式の譲渡益から引ききれなかった金額については、確定申告をすることにより、翌年以降3年間繰り越すことができます。また、翌年以降に損失を繰越控除する場合は翌年以降も連続して確定申告書を提出する必要があります。ただし、非上場株式及び証券会社等を通さないで譲渡をした損失は、繰越控除の対象となりません。

株式譲渡益しか所得のない配偶者の譲渡所得の金額が48万円以下であれば、その配偶者には所得税がかからないとともに、夫の配偶者として、夫は配偶者控除を受けることができます。また、その配偶者の株式譲渡益が48万円超であっても、133万円未満でかつ夫の合計所得金額が1,000万円以下であれば、配偶者特別控除の適用を受けることができます。この株式譲渡益しかない配偶者が、「源泉徴収あり」の特定口座を開設している場合には、確定申告の必要がないので、この申告不要の株式譲渡益は、合計所得金額には算入されません。その配偶者は配偶者控除の控除対象配偶者になります。